南京南站位于江苏省南京市雨花台区与江宁区交界处，铁路南京南站正下方。南京南站是地铁车站，也是南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1号线、南京地铁S3号线的换乘站。南京南站共有11个出入口、11个联络通道，建筑总面积约8万平方米。
南京南站主体结构为四层，地面层为出入口，地下一层是站厅及换乘通道，地下二层是S1、S3、6号线站台层，地下三层是1、3号线站台层。
南京南站整体呈“T”型布局，北站厅东西向布置，站台采用一岛两侧布置，并设有S1号线折返线。南站厅南北向布置，站台采用双岛式布置。
