消毒和灭菌的区别是两者处理程度不同。消毒只要求杀灭和清除致病微生物，使其数量减少到不再能引起人发病。而灭菌不仅要求杀灭和清除致病微生物，还要求将所有微生物全部杀灭和清除掉。
消毒只需选用具有一定杀菌效力的物理方法、化学消毒剂或生物消毒剂来达到无害化效果，而灭菌必须选用能杀灭抵抗力最强的微生物(细菌芽孢)的物理方法或化学灭菌剂，来达到无菌效果。
