吴锡麒天姿超迈，吟咏至老不倦，能诗，尤工倚声，诗笔清淡秀丽，古体有时藻采丰赡，代表作如《双忠祠》、《凤凰山怀古》、《观夜潮》、《读放翁集》等。在浙派诗人中，能继朱（彝尊）、杭（世骏）、厉（鹗）之后，自成一家。亦能词，但不如其诗和骈体文的著名。吴锡麒骈文颇著称，吴鼒称赞说：“不矜奇，不恃博，词必泽于经史，体必准乎古初，……合汉魏六朝唐人为一炉冶之。”（《八家四六文钞》）与邵齐焘、洪亮吉、刘星炜、袁枚、孙星衍、孔广森、曾燠并称骈文八家。晚年登门求诗者，络绎不绝。 兼工书法，尤其擅长行书、楷书。代表作如《务本论》、《岳飞论》、《与袁简斋前辈书》、《苏文忠公诗合注序》、《湖心泛月记》等。吴锡麒的书法作品为中华人民共和国国家文物局公布为“精品和各时期代表作品不准出境者”。
著有《有正味斋集》73卷。凡诗集16卷，诗续集8卷，外集5卷；骈体文集24卷，骈体文续集8卷；词集8卷，词续集2卷，词外集2卷。有嘉庆间刻本。另有《有正味斋文续集》、《有正味斋尺牍》、《有正味斋曲》、《有正味斋南北曲》、《有正味斋诗》、《有正味斋诗集》、《有正味斋赋稿》等。《藤花曲话》记吴锡麒所作南北曲，“亦复妙墨淋漓”。有《渔家傲》传奇，演汉代严子陵故事，已佚。
肥遁先生志，祠堂重此州。一星终古客，落日大江流。
帝业推铜马，闲身羡野鸥。谁传男子在，徒枉故人求。
币乃同汤聘，竿终笑吕投。功名轻骥足，风雨老羊裘。
痴甚贻书霸，狂哉洗耳由。耦耕仙侣共，立传逸民牧。
我亦闻风起，因来系榜游。苍苍迷万壑，咄咄感千秋。
大树凋名将，云台失列侯。谶谁陈赤伏，亭已圮芜蒌。
白发看遗像，青山有故丘。几家绵子姓，七里聚渔讴。
顽懦犹能激，孤高不可俦。惟应竹如意，遗响答峰头。
上弦谡谡松风鸣，下弦汩汩乃作厓山之海声。当时一弹再鼓处，山石欲裂天为惊。
永嘉道出清原寺，雨黑镫昏不成睡。手挥行箧七条弦，诗写孤臣两行泪。
泣山鬼兮云沈沈，感君恩兮波深深。哀哉丞相琴，即是丞相心。
糁羹尚记板桥道，麦饭谁哭冬青林。景炎时事可知矣，空抱壮怀犹不已。
五坡岭，零丁洋，可怜道路摧肝肠。何如青原山中留宿夜，清商一曲龙吟长。
生在南天死北地，流落孤琴旧时字。故友惟留玉带生，西台已碎竹如意。
吁嗟乎，坏漆凄凉五百秋，茫茫谁刺海滨舟。高山流水臣心在，尚欲黄冠故国游。
