何南凤于明万历三十四年(1606)中举。后来，他决意出家，历游齐、鲁、吴、越等地名山寺庙，曾住持平远文殊、龙川石岭、兴宁曹源和祥云等地寺庙；晚年住持江西豫章普济寺。他博采各家，创立了亦佛亦儒、亦僧亦俗的新流派，以“劝人行善”为主要教义。由于其学说适应了当时客家地区群众的需要，在粤东、赣南、闽西一带以及东南亚都有其门徒，其学说颇有影响。
南凤世家书香，父疑吾，字心吾，明代万历年间岁贡生，母刘氏。
南凤生而颖悟，过目成诵，每试辄冠军，年十五，入秀才，博览群书。早年，偶阅佛教《坛经》，恍然有悟，决计出家。他的父亲得知后，把他从佛寺带回来，仍叫他专心研究儒家经籍，年二十八中举（明万历四十年己卯），第二年入京会试，在途中遇见了黄山的普门禅师，相与谈禅，志趣相投，便又决定出家，再当和尚，远游山东、浙江、江苏、江西、福建。近至平远、龙川、潮州等地名寺。也曾在神光山佛寺住持多年，并在神光山麓亲建曹源寺一座。晚年定居江西南昌普济山，在寺内坐而逝。
南凤逝世后，他的门徒印致在普济山建塔一座，在塔内安葬南凤的骨骸。当年神光山南凤的僧徒也在曹源寺右边修建南凤的衣冠冢，安葬南凤的的发爪、法器遗物。
南凤有子二人，长名先甲，次名先庚，都入了秀才，一说先甲早年曾参加反清复明起事。
南凤信佛参禅，当了和尚，却不拘形式上的仪节和禁戒，仍饮酒食肉。娶妻生子，“成婚后，妻亦和，得子后，子亦孝”。
南凤性至孝，自谓“会元及第之念，幼长怀之，参禅看破。只因会试欠债，思得一薄宦以偿，再以慰老母殷望”。但他终未做官，晚年思念“老母在堂，杖履归省，依依亲舍者数年。”
南凤出家后，虽参禅弃儒，但终不忘儒。他认为儒释本无二致，僧和俗也是可通的。他以儒家的“格物、致和、平天下”与释氏之“明心见性度众生”为宗旨，时而出家，时而还俗，毫无拘束。作《半僧先生传》以自况。自谓“一言半语，本诸先圣之要，出诸自得之真。信得及者，依而行之，直可超凡入圣，度生死苦。则谓之半僧先生而己矣。”所著诗文不少，但他不愿集而成书，每数月，即取手稿投之于水火。今仅存他的门徒辑录的诗六十四首，歌吟赞偈十一首，尽牍八篇，文十二篇，名曰《初堂余稿》。前人有评：“疾没世而名不称，非先生志也。独怪今来，实学真才，脱然名利如先生者。回不多觏。”
岭南久已无消息，曹溪路亦生荆棘。跛师独自出头来，笼不住兮唤不回。
后园吃草事周遮，破家特地走天涯。鼻孔穿来没半边，囫囵呑却金刚圈。
三脚驴子弄蹄行，一踏群萌尽皆惺。意马逐队走如风，象□□之愈峥嵘。
年来不耐披袈裟，戴发还归居士家。维摩对我寂无言，不二门从海□宣。
我亦人中七佛师，今日为君亲證据。香积饭兮灯王座，分明举似无话堕。
大地撮来如粟粒，打鼓普请人不识。要会渠侬头与面，顶门□破开正见。
急荐盲龟跛鳖禅，莫认儒冠□正遍。
