至正十二年（1352），徐寿辉攻克武昌，年仅十八岁的丁鹤年将生母冯氏安顿于城郊，护侍嫡母顺长江东逃至镇江避难。后嫡母病逝于镇江，他徒步往浙东投奔任定海县令的从兄吉雅谟丁。
由于浙西日乱，当时江南行御史台移治奉化，不少名公大臣赏识丁鹤年的才干，推荐他做官，都被他一一回绝。不久，吉雅谟丁去世，鹤年生活无依无靠，几乎陷于绝境，只好“或旅食海乡为童子师，或寄食僧舍卖药以自给”。
当时，浙东一带属方国珍的势力范围，方氏“深忌色目人，鹤年畏祸迁徙无常居”。在浙东海岛潜踪匿迹，逃亡避祸，不得不“居简便夷俗，含凄效越吟”。
他常寄居寺庙，结交了一批“禅侣”，也深得僧人的帮助。尝诗云：“赖有诸禅侣，情亲似弟兄。”保国寺的椿上人便是其中之一。丁鹤年也在这段人生中参禅、逃禅，并在《辨中边论》基础上完善、修行了佛教界的“中观理论”，保国寺为其提供了重要的悟道之所
至正二十八年（1368）元退。政局逐渐安定，丁鹤年在定海海边筑室定居下来，名其室为“海巢”。明洪武十二年（1379），各地交通多恢复，丁鹤年告牒武昌长官回乡迁葬生母遗骨。回武昌后，几经周折，终于寻找到生母冯氏埋葬之所，将其尸骨迁至武昌城西寒溪寺后山父墓旁。
创办鹤年堂
永乐登基后，采取了对色目人的安抚、融合政策，京城也成为了色目人的聚居之地。于是丁鹤年去了北京，并且带去了慈水人、患难与共的农村医生乐良才，共赴北京穿街走巷行医。著名的鹤年堂药铺就是成立于当时，乐良才也成为了创办同仁堂的北京乐氏家族的祖宗。也可以说，丁鹤年是北京宁波商帮萌芽形成的领路人之一。
楚楚新移竹，翛翛已出林。渭川元接叶，淇水本联阴。
既忝轩墀重，应蒙雨露深。芝兰方并植，荆棘敢相侵。
有荷栽培力，无惭变化心。长身龙夭矫，密羽翠萧森。
委砌风飘锦，筛庭日布金。奇材仲连箭，雅韵伯牙琴。
欸乃歌频度，平安问每临。风云今自饱，冰雪旧能任。
岂独松梅友，仍多草木钦。琅玕擎使节，玳瑁合朋簪。
直可扶衰老，贞堪载古今。钓鳌期大用，引凤压群音。
词客题诗到，幽人载酒寻。烟旌朝冉冉，月纛夜沈沈。
展席临秋水，钩帘对夕岑。清风驱酷暑，一为豁烦襟。
高人嗟逝矣，静乐尚求诗。岂意无为道，翻成罔极悲。
二难勤继述，一默付希夷。饮水心愈洁，看山意更迟。
伤乌营冢日，吊鹤造庐时。霜露增新感，烟霞遂宿期。
闭门春事去，隐几午阴移。未坠青云志，仍工白雪词。
每怜司马病，深忝叔牙知。惭愧无佳句，缄题慰孝思。
襄汉扬波日，江湖避地时。行行随老母，处处礼名师。
云水元无住，风尘信所之。睦州勤奉养，江革备艰危。
掌钥钟山下，传灯鄂渚湄。剩翻龙藏典，几咏《鹤楼》诗。
深慨丛林废，真成一木支。铜仙频阅世，铁佛重开基。
法几雕文具，灵幡刺綵丝。云钟晨缥缈，月殿夜参差。
已悟无生法，还兴罔极悲。他乡流徙远，先垄奉迁迟。
澒洞今方息，旋归故可期。望云双泪泻，计日寸心驰。
官柳催飞锡，昙花侑奠仪。既明埋玉理，岂是系珠痴。
定应眠牛兆，毋生触鹿疑。春晖怜旧线，秋露荐新祠。
生死俱无憾，诸方起孝思。
